Des populations sauvages d’arabica sont documentées de longue date dans l’est du pays : des travaux de 2021 confirment que la métapopulation du plateau de Boma est génétiquement distincte des lignées éthiopiennes et des cultivars mondiaux, apportant un fort argument scientifique pour un centre d’origine de Coffea arabica au Soudan du Sud.
La relance moderne de la filière s’articule autour du programme Nespresso–TechnoServe à Yei : premiers moulins humides du pays installés en 2015–2016, coopératives locales créées, et première exportation en une génération sous la capsule Suluja ti South Sudan (robusta lavé) lancée à l’automne 2015.
À partir de 2016, l’insécurité freine fortement la filière ; les volumes restent très limités et irréguliers, plusieurs zones caféières ayant connu un déclin net des plantations et de la collecte.
Au-delà du robusta cultivé dans le sud-ouest, l’intérêt agronomique se porte aussi sur des ressources d’altitude (ex. Imatong & Boma) et sur des espèces tolérantes comme l’excelsa (Coffea liberica var. dewevrei), aujourd’hui marginale mais explorée pour sa résilience climatique.
En résumé : une origine émergente au patrimoine génétique unique (arabica sauvage de Boma), une preuve d’export récente via Yei, et un potentiel specialty qui dépend étroitement du contexte sécuritaire et de la remise en route des moulins humides.